Die Laboruntersuchungen zur Bestimmung des Referenzwerts ergeben für bestimmte untersuchte Systeme Werte von 10.000 KBE/ml bis 1.000.000 KBE/ml. Die Festlegung eines Referenzwertes nach § 4 Abs. 1 als Indikator für eine hygienische Veränderung der Anlagen erscheint daher für manche Systeme nicht geeignet. Muss in solchen Fällen ein Referenzwert festgelegt werden?

Nach § 4 Abs. 1 der 42. BImSchV kann der Betreiber auf die Bestimmung des Referenzwertes verzichten, wenn er einen Wert von 10.000 KBE/ml als Referenz akzeptiert. Der Referenzwert kann dem Betreiber jedoch als guter Anhaltspunkt dienen, um seine Anlage selbst zu beobachten. Nach einer Kennenlernphase kann er so kritische Betriebszustände erkennen, da gegenüber dem Referenzwert erhöhte Befunde auf entstandene Biofilme hinweisen. Diese begünstigen Legionellen. Schwankungen der allgemeinen Koloniezahl auch über größere Beträge sind nicht ungewöhnlich. Liegen allerdings wie hier Schwankungen über mehrere Größenordnungen vor, sollte die Eignung der Probenahmestellen überprüft werden sowie der Zeitpunkt der Beprobungen im Zusammenhang mit Biozidbehandlungen. Auch bestehende Verunreinigungen des Systems sind zu vermuten und zu beseitigen, insbesondere im Falle einer ausgeprägten Begleitflora. Generell kann der Referenzwert einen Wert von 10.000 KBE/ml übersteigen, da dies ein konservativer Wert ist.
Es liegen Erkenntnisse vor, dass in bestimmten Branchen (z. B. Serienlackierung, Zuckerfabriken) die Bestimmung des Referenzwertes mit den vorgesehenen Analysemethoden (UBA Empfehlung) keine aussagefähigen Ergebnisse liefert. Hier bedarf es weitergehender grundsätzlicher Untersuchungen. Es besteht die Möglichkeit, zeitlich befristete Ausnahmen nach § 15 zu erteilen, bis weitere Erkenntnisse vorliegen.